minarium duchowne, jako szkoła kształcąca kandydatów do kapłaństwa założone zostało w Gnieźnie w roku 1602. Miało w nim kształcić się dwunastu wychowanków. Ogólną troskę nad seminarium w zastępstwie arcybiskupa gnieźnieńskiego sprawowała kapituła katedralna, kierownictwo samym zakładem zaś należało do księży diecezjalnych i składało się z prefekta (kierownika) i dwóch profesorów. Po "potopie szwedzkim" w połowie XVII w. rozpoczął się dla seminarium gnieźnieńskiego prawie sześćdziesięcioletni okres powolnego upadku. Abp Stanisław Szembek dokonał w 1718 r. reorganizacji szkoły. Kierownictwo zostało oddane w ręce księży ze Zgromadzenia Misji. W seminarium miało się odtąd kształcić na koszt zakładu dwunastu kleryków (więcej tylko na koszt własny), wykłady zaś prowadzić mieli prefekt (dzisiejszy rektor) oraz 2-3 profesorów. Nauka winna trwać 2 lata, choć w praktyce bywało nieraz inaczej. Od 1811 r. obowiązywały czteroletnie studia filozoficzne i teologiczne.

W okresie zaborów rząd pruski podejmował kilka razy próby zlikwidowania seminarium gnieźnieńskiego (1801, 1822, 1835). Abp Marcin Dunin, chcąc uratować zakład, przeniósł w 1835 r. trzyletnie studia teologiczne do Poznania, gdzie klerycy gnieźnieńscy odbywali je wspólnie z klerykami poznańskimi, w Gnieźnie natomiast urządził rok praktyczny (czwarty), a seminarium otrzymało nazwę "Seminarium Clericorum Practicum" (Seminarium Praktyczne). Taka sytuacja trwała aż do roku 1927. Wówczas zreorganizowano seminaria poznańskie i gnieźnieńskie w ten sposób, że w Gnieźnie umieszczono dwuletnie studium filozoficzne wspólne dla kleryków obydwóch diecezji, w Poznaniu natomiast czteroletnie studium teologiczne.

Podczas II wojny światowej seminarium było nieczynne (w gmachu urządzono szkołę niemieckiej policji). W latach 1945 - 1947 w Gnieźnie odbywali całe sześcioletnie studia filozoficzno-teologiczne klerycy obydwóch diecezji, następnie powrócono do systemu przedwojennego. W roku 1953 nastąpił rozdział seminarium gnieźnieńskiego od poznańskiego. Odtąd w Gnieźnie istnieją pełne sześcioletnie studia filozoficzno - teologiczne.

Archiwalia wytworzone przez kancelarię tego zakładu sprzed 1718 r. nie zachowały się. Jedyne istniejące do dziś źródła do dziejów tego okresu to akta i zapisy prowadzone przez kapitułę katedralną w związku z wypełnianiem ciążących na niej obowiązków wobec seminarium.

Znajdujące się w Archiwum Archidiecezjalnym od 1962 r. archiwalia seminaryjne są tylko fragmentem zasobu, którego reszta znajduje się nadal w składnicy akt Wyższego Seminarium Duchownego w Gnieźnie.

Obecny zespół składa się z następujących grup aktowych:

    1. Wychowankowie
    2. Regulaminy i programy nauczania
    3. Biblioteka
    4. Dochody i rozchody
    5. Kontrakty i rachunki
    6. Majątek Braciszewo
    7. Inwentarze
    8. Korespondencja
    9. Konwikt arcybiskupi
    10. Seminarium zagraniczne
    11. Rekolekcje kapłańskie